По одной из версий, основателем села был Мезенцев Филипп-Яран Пиля, оленевод-ненец.
Село расположено на правом берегу реки Печоры в месте впадания в нее реки Подчерье (Подчерем), находится в 29 км к северо-востоку от города Вуктыл.
История населенного пункта тесно связана с рыболовством, старообрядчеством и развитием лесной промышленности.
Населенный пункт возник после 1747 года. Первое документальное упоминание относится к 1784 году. В посемейных списках Щугорской волости указана деревня Подчерская. В «Экономических примечаниях к Генеральному межеванию» в деревне зафиксировано 8 дворов и 39 жителей (19 мужчин, 20 женщин).
Название села происходит от реки Подчерем. На карте Вологодского наместничества 1792 года село обозначено как Подчирье. Население относилось к верхнепечорским коми.
В 1803 году жители перечислены в списке староверов Печорской Троицкой церкви.
По данным промышленника В.Н. Латкина в 1843 году в деревне насчитывалось 26 домов, 125 жителей; основной промысел - рыболовство («хлеб не сеют»).
В 1859 году в деревне насчитывалось 32 двора, 220 жителей (93 мужчины, 127 женщин).
В 1891 году открылась Иоаникеевская школа грамотности. В 1903 году построена Подчерская Петропаловская церковь, освящена в 1908 году как единоверческая. В 1916 году в селе было 56 дворов и 197 жителей. В 1926 году - 57 дворов, 197 жителей (71 мужчина, 126 женщин).
В 1930 годы в Подчерье появились начальная школа, изба-читальня, пароходная стоянка, потребительское общество и агентство госторга. В 1931 году организован колхоз «Рычаг социализма», который занимался разведением крупного рогатого скота и земледелием. Колхоз участвовал в выставках достижений народного хозяйства.
В 1933 году образован Подчерский сельсовет в составе Троицко-Печорского района.
В 1956 году был создан Подчерский сплавной рейд, объединивший три сплавных участка. Это привело к возникновению нового поселка сплавщиков, также названного Подчерье. В этот период в село переселили жителей из маленьких деревень Солдат, Яки, Орловка. Подчерская запань стала одной из главных на Печоре. Были построены мехцех, конюшня, клуб, столовая и магазин.
30 июля 1960 года Подчерский сельсовет передан из Троицко-Печерского в Печорский район.
21 февраля 1975 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР образован Вуктыльский район; Подчерский сельсовет вошёл в его состав.
1970 год население - 1843 человека, 1979 год - 2371 человек, 1989 - 2329 человек, 2002 год - 1038 человек (постоянное население, 51% русские, 35% коми), 2010 год (по переписи) - 710 человек, на 01.01.2026 - 523 человека.
С декабря 2015 года в результате изменения статуса Вуктыльского района на городской округ сельские поселения были упразднены; село подчерье вошло в состав городского округа Вуктыл. 01 июня 2023 года городской округ «Вуктыл» наделён статусом муниципального округа.
В годы Великой Отечественной войны из Подчерского сельсовета на фронт ушли более 120 человек, 82 из них не вернулись.
